Άλωση των Σούσων, της Βαβυλώνας και της Περσέπολης  - Κατάκτηση των χωρών της Κασπίας. Ίδρυση πόλεων

Πόσο κρίσιμη ήταν η έκβαση της μάχης των Γαυγάμηλων αποδείχτηκε αμέσως. Οι δύο μεγάλες πρωτεύουσες του περσικού κράτους, η Βαβυλώνα και τα Σούσα, παραδόθηκαν αμαχητί. Στη Βαβυλώνα ο Αλέξανδρος βρήκε αξιόλογο χρηματικό ποσό που το είχε ανάγκη. Μεγαλύτεροι ήταν οι θησαυροί που βρήκε στα Σούσα. Σε λίγο στην Περσέπολη θα εύρισκε ακόμα μεγαλύτερο αποταμίευμα.

Στη Βαβυλώνα ανέπαυσε το στρατό του επί 30 μέρες. Μετά πήγε στα Σούσα. Από εκεί παρέλαβε ενισχύσεις 15.000 ανδρών και έφυγε για την Περσίδα, εκπόρθησε τις λεγόμενες Περσίδες πύλες και κυρίευσε την Περσέπολη. Στα τέλη του χειμώνα 331 προς 330 ξεκούρασε και πάλι το στρατό του για ένα μήνα και πλέον. Αφού άφησε στην Περσέπολη φρουρά 3.000 Μακεδόνων και σατράπη τον Τιριδάτη, το Μάρτιο του 330 αναχώρησε με όλο το στρατό του για τα Εκβάτανα της Μηδίας προς καταδίωξη του Δαρείου.

Καταδιωκόμενος ο Δαρείος στη Μηδία φονεύθηκε, στα μέσα του 330, από το σατράπη της Βακτριανής Βήσσο. Ο Αλέξανδρος, αφού έθαψε πολυτελώς το Δαρείο στους βασιλικούς τάφους των Περσών, κυρίευσε το ίδιο έτος τη Μηδία, την Παρθυηνή, τη Δραγγιανή, τη Γεδρωσία, την Αραχωσία και τους Παροπαμισάδες. Στις χώρες αυτές έχτισε τρεις μεγάλες πόλεις επωνύμους του: την Αλεξάνδρεια των Αρείων, την Αλεξάνδρεια των Αραχώτων και την Αλεξάνδρεια του Καυκάσου. Πρώτοι κάτοικοι των πόλεων αυτών ήταν τα πολυάριθμα στρατιωτικά τμήματα που άφηνε εκεί ως φρουρές. Μετά συγκεντρώνονταν και πολλοί ιθαγενείς που συγχωνεύονταν με τους Έλληνες. Η τακτική του Αλεξάνδρου να διορίζει στα ανώτατα αξιώματα του κράτους Πέρσες και Έλληνες, που συνεργάζονταν για την επιβολή της περσικής εθιμοτυπίας στη βασιλική αυλή, προκάλεσε δυσαρέσκεια ανάμεσα σε πολλούς στρατηγούς του.